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STRING科普贴:蛋白互作网络构建_知乎
22 String数据库(https://string-db.org/ )是一个搜寻蛋白质之间相互作用的数据库.既包括蛋白质之间的直接物理相互作用,也包括蛋白质之间的间接功能相关性,数据库目前已经更新到Version 11.0b,应用范围2090个物种,包含24'584...
STRING数据库|蛋白质互作网络分析_知乎
26 到目前为止,STRING网站数据库里面涵盖了5090种生物的两千四百多万种蛋白质(24584628),数据库内互作数据来源于高通量实验数据、计算机基因组预测、自动文本挖掘以及其他数据库数据,是目前很多蛋白质互作数据库中覆盖物种最多、互作信息最大的一个.
RNA-seq入门实战(九):PPI蛋白互作网络构建(上..._知乎
9 还可以进行PPI蛋白互作网络(PPI, Protein-Protein Interaction Networks)的构建,查看这些基因之间的联系,进而锁定关键基因. 关于关键基因、hub基因,这篇文章说得很详细: 关键基因和hub基因(生物网络角度) . 构建PPI网络一般需要使用string数据库获...
跟着文献学生信(一)| 利用STRTING构建蛋白互作网络_知乎
13 假如你研究的是一个茶树上的蛋白序列(功能未知、注释信息少),这时候可以登陆STRING网站,通过输入我们的目的序列与数据库中某些模式植物的蛋白序列进行比对,例如拟南芥.通过比对后,就会得到与目的序列匹配的拟南芥蛋白序列,其结果与NCBI的blast结果类似.然后再选定匹配到的某一条蛋白序列进行绘制网络,就会得到拟南芥中这个蛋白的互作网络图.我们可以参考这个互作图的结果,对目的序列进行同样的研究验证...
STRING | 蛋白质相互作用分析数据库_知乎
13 STRING(STRING: functional protein association networks (http://string-db.org )) 首先打开数据库,会显示出主页如图所示.左侧有输入选项,可以根据你感兴趣单个或多个蛋白的名字,序列去搜索.以蛋白名字为例,输入EGFR蛋白,并且选择数据来源为人.然后点击search搜索即可. 接下来会出现如下图所示的界面,点击continu...
STRINGdb | 交互式可视化蛋白网络互作_知乎
1. 效果展示通过利用差异分析结果,使用STRINGdb包挖掘蛋白交互关系,使用visNetwork构建互作网络,并利用RPubs将网络上传至服务器,实现蛋白互作...
R语言可视化STRING分析的蛋白互作网络(PPI)_知乎
5 使用STRING构建蛋白互作网络(PPI)STRING 链接 数据集我使用R语言包clusterProfiler中经常用作示例的基因列表 获取gene symbol的代码将gene symbol上...
老司机带你解锁蛋白质互作网络分析 - 知乎
【指南】Cytoscape之stringAPP蛋白互作分析详解_知乎
14 覆盖蛋白互作网络分析一直以来是蛋白质组学数据分析的重要部分,现在常用的如String网络数据库,它能提供两千多个物种的互作信息,展示的网络系统较...
收藏贴|Cytoscape|蛋白质互作网络图的美化操作详解_知乎
4 本文以上篇文章中从STRING数据库得到的结果数据为例,对其进行互作网络分析的美化.通过Cytoscape,可以在可视化的环境下将生物网络与基因表达、...
